Este maravilloso warning cuyo source es SceCLI podrás encontrarlo en un entorno Windows 2008R2 en dominio, en mi caso en un controlador de dominio.
En resumen, viene a decir, que alguna de las cuentas que están definidas en la política de seguridad del equipo no coinciden con el SID del sistema.
Tras revisarlo un poco a fondo y leer por internet, parece que es un bug como el tamaño de un camión de Microsoft, que a pesar de que el 2008R2 lleva en mercado ya bastante, todavía no está corregido. Esto sucede cuando aplicas cambios a la política de dominio.
Para encontrar que cuentas son las que están provocando el problema deberás de revisar winlogon.log: %SYSTEMROOT%\Security\Logs\winlogon.log
Es posible que veas algo así:
Configure DefaultAppPool.
Error 1332: No mapping between account names and security IDs was done.
En mi caso afectaba a DefaultAppPool y a Classic .NET AppPool. Para resolverlo, tuve que acceder a la gpo de los controladores de dominio > Computer > Windows Settings > Security Settings > Local Policies > User rights assignment
Y desde ahí eliminar de todas las secciones donde aparece DefaultAppPool o Classic .Net y añadir en su lugar: IIS AppPool\DefaultAppPool y IIS AppPool\Classic .NET AppPool
Comentar además que existe un comportamiento similar para la cuenta WdiServiceHost, para el cual existe un HotFix