En un servidor Tomcat las aplicaciones se suelen desplegar en la carpeta webapps.
En un servidor OC4J las podemos encontrar en la carpeta
~/oc4j/j2ee/home/applications
Si alojamos en esa carpeta los .war o aplicaciones correspondientes se desplegarán.
Éste es el funcionamiento que por defecto lleva, por supuesto, como en cualquier servidor se puede cambiar dicho comportamiento desde la configuración.